Tijdens de ijstijd waren grote delen van Nieuw-Zeeland bedekt met gletsjers en ijskappen. Toen de gletsjers zich terugtrokken, sneden ze door de rotsen en vormden zo de valleien, diepe meren en fjorden die we vandaag de dag zien. De hoge valleien en onophoudelijke regenval hebben ervoor gezorgd dat de regio rijk is aan watervallen. Fiordland heeft ook enkele van de oudste rotsen van Nieuw-Zeeland, vooral de harde kristallijne metamorfe rotsen. Omdat het gebied dicht bij de alpine breuklijn ligt waar twee aardplaten elkaar raken, heeft Fiordland grote afzettingen van zandsteen, moddersteen en kalksteen.